Э-э-э. Наоборот. Пережатие из одного кодека в другой -- это всегда потенциальная потеря качества. Если задача "вырезать нужный кусочек из видео", то лучше ставить в нём галочку Direct Stream Copy -- тогда он не будет ничего пережимать, а просто оставит исходные кадры как было. Здесь небольшая техническая тонкость: разрезать avi без пережатия можно не в любом месте, а только по опорным кадрам, которые идут раз в несколько секунд (не помню точно, сколько). Virtual Dub об этом знает и просто оставит в начале и в конце несколько секунд лишних, просто не надо считать это ошибкой и пытаться исправить.

P.S. Но саму идею использовать vdub безусловно поддерживаю!

... Навязчивое мудрствование в утренние часы ...