Во-первых, ну что и зтого, что он может выполнить там произвольный код? Возможности коммуникации симки с телефоном довольно ограничены. Даже воспользоваться NFC телефона для взаимодействия с внешним NFC-ридером (например турникетом в метро) далеко не на всех моделях получается.
А доступа к файловой системе телефона или intent-ам выполняющихся приложений - ну об этом вообще не слышали.

Опять же, система секьюрити доменов там навороченная, и из того что оператор владеет корневым доменом еще никак не следует что он имеет доступ к ключам банковского приложения, живущего на той же симке (даже если не на телефоне) в одном из вложенных доменов.Это вам не юникс, где рут может всё.