Я бы доверял Макгонагалл. Про то, что Джеймс, Сириус и Петигрю - анимаги, знал, имхо, только Дамблдор, иначе Сириус не смог бы это использовать для побега из Азкабана. Если б это была трансфигурация, Макгонагалл не только поняла бы это, но и могла бы это предвидеть и не дать ему сбежать. По ощущению, это что-то из той же серии, что и полет Волдеморта без технических средств, так что фраза Макгонагалл вполне по делу - вряд ли Снейп с его высокомерием согласился бы учится от Петтигрю :)

А общение Волдеморта со змеюкой - из той же серии, что и обмен мыслями между Волдемортом и Гарри - именно так и работают живые хокруксы.